ホウオウ
ＨＧの場合：ラジオ塔で局長に「にじいろのはね」を貰った後、ストーリーを進めてまいこはんから「とうめいなスズ」をもらうと、
スズの塔頂上で出会うことができる。Lv45。
ＳＳの場合：ニビシティのおじいさんから「にじいろのはね」を貰った後にスズの塔頂上で出会うことができる。Lv70。

ルギア
ＳＳの場合：ラジオ塔で局長に「ぎんいろのはね」を貰った後、ストーリーを進めてまいこはんから「うみなりのスズ」をもらうと、
うずまきじま最深部で出会うことができる。Lv45。
ＨＧの場合：ニビシティのおじいさんから「ぎんいろのはね」を貰った後にうずまきじま最深部で出会うことができる。Lv70。

エンテイ・ライコウ
やけたとうで出会った後、ジョウト各地に出現。

スイクン
やけたとうで出会った後、
タンバシティ
　　↓
スリバチやま前
　　↓
クチバシティ
　　↓
１４ばんどうろ
　　↓
２５ばんどうろの高台
の順に追いかけていくと戦える。Lv40。

フリーザー
ふたごじまに出現。Lv50。

ファイヤー
シロガネやまに出現。Lv50。

サンダー
カントー制覇後、はつでんしょ前に出現。Lv50。

ミュウツー
ハナダの洞窟に出現。Lv70。

ラティアス（ＨＧ）・ラティオス（ＳＳ）
モノマメむすめの依頼を受けてクチバのだいすきクラブで「おとしもの」を貰った後、ダイゴと会話イベント。
その後、カントー各地を飛び回る。Lv35。

カイオーガ（ＨＧ）・グラードン（ＳＳ）
オーキド博士からいずれかのポケモンを貰った後、ポケモンじいさんの家へ。
そうすると「あいいろのたま」または「べにいろのたま」が貰えるので、タンバシティから４７ばんどうろにいき、うずもれのとうに出現。Lv50。

レックウザ
上記のポケモンを捕まえた後、オーキド博士にそのポケモンを見せる。
その後ＨＧ・ＳＳ（もう片方のバージョン）で捕まえたグラードン（カイオーガ）も一緒に見せた後、うずもれのとうに出現。Lv50。